Ferrer Guardia murió a los cincuenta años, porque, sin ninguna prueba, se le acusó de haber instigado los hechos de la Semana Trágica de julio de 1909. Fue fusilado en Montjuïc, después de un juicio sin garantías a cargo de un tribunal militar, el 13 de octubre de 1909.

El eco internacional de esta injusta ejecución se manifestó en una serie de actos de protesta cívica, toda Europa y del mundo, encabezados por personas de todas las sensibilidades humanistas y progresistas, que, como testigo simbólico, confluyeron en la construcción de un monumento erigido en Bruselas en 1911, con el que se homenajea a Francisco Ferrer como mártir de la libertad de pensamiento.

Al pie de este monumento está grabado su mensaje:

La enseñanza racionalista puede y debe discutirlo todo, situando previamente a los niños sobre la vía amplia y directa de la investigación personal.

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