Ferrer i Guàrdia va morir als cinquanta anys, perquè, sense cap prova, se'l va acusar d'haver instigat els esdeveniments de la Setmana Tràgica de juliol de 1909. Va ser afusellat a Montjuïc, després d'un judici sense garanties a càrrec d'un tribunal militar, el 13 d'octubre de 1909.

El ressò internacional d'aquesta injusta execució es va manifestar en un seguit d'actes de protesta cívica, arreu d'Europa i del món, encapçalats per persones de totes les sensibilitats humanistes i progressistes, que, com a testimoni simbòlic, van confluir en la construcció d'un monument erigit a Brussel·les l'any 1911, amb el qual s'homenatja Ferrer i Guàrdia com a màrtir de la llibertat de pensament.

Al peu d'aquest monument hi ha gravat el seu missatge:

L'ensenyament racionalista pot i ha de discutir-ho tot, situant prèviament els nens sobre la via ampla i directa de la investigació personal

Barcelona en flames durant la Setmana Tràgicathumb_Proces_judiciManifestacio_Paris_1909_2monument_brusselesMonument_Brusseles_placa